Begadang dapat berbahaya bagi tubuh, tetapi tingkat keparahannya bervariasi tergantung pada kondisi tubuh masing-masing. Begadang dapat mempengaruhi sistem endokrin tubuh manusia. Begadang dapat dengan mudah menyebabkan gangguan endokrin dalam tubuh manusia, yang dapat menyebabkan sekresi hormon yang berlebihan atau tidak normal, sehingga menyebabkan kelemahan, kelesuan, atau obesitas. Laju metabolisme tubuh manusia yang lambat atau tidak normal dapat menyebabkan fungsi tubuh tidak normal, yang dapat dengan mudah menyebabkan penumpukan limbah dan racun dalam tubuh manusia, sehingga menyebabkan serangkaian gejala yang merugikan. Selain itu, begadang dapat mencegah tubuh mendapatkan istirahat yang normal, mengakibatkan efisiensi kerja yang rendah dan fungsi tubuh yang lambat, yang berdampak negatif pada studi, kehidupan, dan pekerjaan sehari-hari.