Efek samping utama pantethine terutama adalah reaksi alergi. Reaksi alergi dapat menyebabkan sejumlah gejala pada berbagai sistem, seperti demam reaktif umum, sakit kepala, edema neurotik, batuk, ruam makulopapular kulit umum yang disertai rasa gatal dan urtikaria. Pada kasus yang parah, hal ini dapat menyebabkan disfungsi peredaran darah yang mengakibatkan hipotensi, takikardia refleks, dispnea, lekas marah, gangguan kesadaran, dan tanda-tanda syok lainnya. Jika tidak segera ditangani, hal ini dapat mengancam jiwa, meskipun kejadian reaksi alergi yang parah ini relatif rendah. Efek samping klinis yang paling umum adalah sakit kepala dan demam reaktif umum, yang sebagian besar akan hilang dengan sendirinya tanpa pengobatan khusus.