Pengobatan ensefalitis bervariasi, tergantung pada penyebab penyakitnya, dan umumnya mencakup terapi antivirus, terapi anti-infeksi dan terapi suportif simtomatik.
Misalnya, obat anti-tuberkulosis digunakan untuk meningitis tuberkulosis, obat antijamur seperti flukonazol digunakan untuk meningitis kriptokokus baru, dan protiimidazol digunakan untuk cysticercosis serebral.