Pembedahan untuk kista kelenjar bibir relatif sederhana dan dapat dilakukan melalui proses anestesi lokal, desinfeksi, sayatan pada mukosa, pengangkatan kista, dan penjahitan. Pembedahan untuk kista kelenjar bibir relatif sederhana dan biasanya dapat dilakukan pada pasien rawat jalan. Setelah disinfeksi dan anestesi lokal, sayatan berbentuk tombak dibuat di sepanjang pinggiran kista, mukosa diiris, kelenjar di area kista terbuka, kista dan jaringan yang terkena di dekat sayatan diangkat dan dikirim untuk pemeriksaan patologis, dan kemudian dilakukan penjahitan. Jika batas kista tidak jelas, jaringan di sekitarnya dapat dipotong sedikit dan kemudian dijahit di bagian ujungnya. Pasien yang menderita kista kelenjar bibir disarankan untuk tidak terlalu cemas sebelum operasi dan mengobatinya sedini mungkin. Jika terjadi gejala abnormal selama atau setelah operasi, beritahukan kepada dokter tepat waktu agar dapat dilakukan penanganan yang sesuai.