Meskipun blok intra-atrium yang tidak lengkap tidak signifikan secara hemodinamik, separuh pasien sering memiliki riwayat fibrilasi atrium paroksismal berulang atau atrial flutter, dan 40% pasien mungkin memiliki riwayat prekontraksi atrium dan takikardia atrium. Pasien mungkin mengalami sesak dada, sesak napas dan detak jantung yang tidak teratur. Blok intra-atrium yang tidak lengkap disebabkan oleh eksitasi ektopik impuls di atrium, yang menyerang nodus sinus selama depolarisasi, mencegah atau menunda transmisi eksitasi ke bawah. Blok intra-atrium yang tidak lengkap sebagian besar terlihat pada penyakit jantung organik seperti penyakit jantung rematik, stenosis mitral, hipertensi, gagal jantung, penyakit arteri koroner, infark miokard, miokarditis, penyakit jantung bawaan tertentu (misalnya defek septum atrium), kardiomiopati, perikarditis kronik, hiperkalemia, peningkatan tonus vagal, efek digitalis dan kuinidin, semuanya dapat menyebabkan blok intra-atrium yang tidak lengkap. Sebagian besar kasus yang dilaporkan di Cina memiliki penyakit jantung organik, seperti penyakit arteri koroner, kardiomiopati, penyakit jantung hipertensi, penyakit jantung rematik, penyakit paru obstruktif kronik, perikarditis konstriktif, dan sindrom simpul sinus sakit. Gangguan konduksi intra-atrium pada lansia mungkin terkait dengan perubahan degeneratif pada jaringan konduksi jantung.