Kontraindikasi colon ct adalah ketika penggunaan colon ct menyebabkan kerusakan pada tubuh atau tidak bermakna untuk diagnosis. Kehamilan, nyeri perut akut, muntah, diare dan operasi caesar yang baru saja dilakukan di mana lukanya belum sembuh merupakan kontraindikasi colon ct. Selain itu, bila terdapat penyakit radang usus, pelebaran usus besar dengan gas dapat menyebabkan perforasi, di antaranya. Untuk mempersiapkan usus sebelum melakukan colon ct, konsumsilah makanan yang mudah dicerna dan rendah residu, seperti sayuran, buah-buahan, dll., 48 jam sebelum pemeriksaan. Dua puluh empat jam sebelum pemeriksaan, makanan padat harus dihindari dan cairan harus dikonsumsi dalam jumlah besar untuk memperbaiki kelemahan. Olahraga atau air minum dengan tambahan elektrolit, air mineral, dll. dianjurkan. Susu atau produk susu harus dihindari untuk meminimalkan pembentukan gas dalam lumen usus.