Bahaya utama pada tubuh dari CT yang ditingkatkan adalah bahaya pada tubuh dalam hal radiasi dan media kontras. Meskipun CT yang ditingkatkan memiliki efek samping tertentu, efek samping tersebut relatif kecil dan disarankan agar pemeriksaan CT yang ditingkatkan dilakukan secara wajar di bawah bimbingan dokter.
1. Bahaya radiasi: CT yang disempurnakan harus dipindai beberapa kali berturut-turut, dan radiasi yang diterimanya lebih dari dua kali lipat dari CT biasa, yang dapat menyebabkan kerusakan tertentu pada tubuh manusia jika pemeriksaan CT yang disempurnakan dilakukan lebih sering. Secara umum, 2 hingga 3 kali setahun bagi orang dewasa untuk melakukan CT yang disempurnakan tidak akan menyebabkan kerusakan pada tubuh manusia.
2. Efek berbahaya dari media kontras: Penyuntikan media kontras sebelum pemeriksaan dapat merusak fungsi ginjal tubuh. Bagi orang normal, zat kontras dapat dimetabolisme dengan lancar dan tidak akan membahayakan tubuh. Namun, bagi pasien dengan fungsi hati dan ginjal yang buruk, hal ini dapat meningkatkan beban metabolisme dan menyebabkan kerusakan hati dan ginjal lebih lanjut.
Pasien yang alergi terhadap media kontras harus memberi tahu dokter sebelum menyuntikkan media kontras, jika tidak, alergi dapat menyebabkan sakit kepala, mual, edema pada kasus ringan, dan syok pada kasus yang parah.