Gejala trombosis vena bergantung pada lokasi trombosis vena, yang umumnya terjadi pada vena tungkai bawah, vena tungkai atas, dan vena intra-abdomen. Lokasi trombosis yang paling umum adalah pada vena tungkai bawah, yang meliputi trombosis vena dangkal dan dalam. Trombosis vena superfisial sering mengakibatkan manifestasi tromboflebitis, seperti suhu kulit yang tinggi, kemerahan pada kulit, pembengkakan jaringan di sekitar vena yang sakit, nyeri pada pembuluh darah yang sakit, terutama saat bergerak, dan rasa sakit yang tak tertahankan; beberapa pasien juga dapat mengalami demam ringan. Jika trombus berkembang lebih lanjut, ukuran trombus meningkat, yang menyebabkan trombosis vena dalam. Trombosis vena dalam terjadi pada ekstremitas bawah dan sebagian besar pasien mengalami pembengkakan dan edema pada ekstremitas bawah, selain rasa sakit, eritema, demam, pembuluh darah superfisial yang melebar, rasa sakit pada tungkai bawah saat dorsofleksi kaki dan sianosis pada ekstremitas bawah yang bengkak. Jika trombosis vena dalam terlepas ke dalam arteri pulmonalis, maka dapat menyebabkan emboli paru dan pasien akan mengalami batuk, sesak napas, panik, tekanan darah tinggi, yang dapat mengancam nyawa, dan tiba-tiba jatuh atau bahkan kematian mendadak jika tidak segera ditangani. Jika vena pada tungkai bawah tidak diobati tepat waktu, maka akan timbul sindrom trombosis vena pasca-dalam, dengan pembengkakan berulang dan rasa tidak nyaman yang menyakitkan pada tungkai bawah, penggelapan kulit, pengerasan kulit dan hilangnya elastisitas, eksim dan bisul pada kulit. Gejala trombosis vena tungkai atas meliputi pembengkakan yang menyakitkan dan pembengkakan cekung pada tungkai atas. Trombosis vena viseral bermanifestasi sebagai tidak ada sensasi ketika ringan hingga nyeri perut ketika parah, dll. Trombosis vena mesenterika dapat menyebabkan nekrosis usus dan manifestasi peritonitis. Singkatnya, gejala trombosis vena bervariasi tergantung pada lokasinya, tetapi semuanya dapat bermanifestasi menyakitkan, dengan trombosis pada tungkai yang bermanifestasi sebagai pembengkakan dan nyeri.