Gastroenteroskopi tidak berbahaya jika dilakukan bersamaan, hal ini terutama tergantung pada apakah pasien dapat mentolerirnya atau tidak, dan pasien dapat mengalami gejala seperti distensi abdomen, nyeri abdomen, mual dan muntah. Baik gastroskopi maupun kolonoskopi melibatkan penyuntikan gas ke dalam saluran pencernaan. Jika terlalu banyak gas yang disuntikkan, pasien dapat mengalami kembung dan sakit perut yang signifikan, dan baik gastroskopi transoral maupun kolonoskopi anal akan menimbulkan rasa tidak nyaman pada tubuh hingga batas tertentu, yang berpotensi menimbulkan gejala seperti mual, muntah, dan nyeri anus. Meskipun bahayanya tidak terlalu besar, banyak pasien yang tidak dapat menoleransinya, sehingga disarankan agar gastroenteroskopi dilakukan secara terpisah. Selain itu, banyak rumah sakit memiliki peralatan pemantau anestesi di ruang gastroskopi, jika Anda ingin melakukannya pada saat yang sama, Anda dapat memilih gastroenteroskopi tanpa rasa sakit, yang dapat sangat mengurangi ketidaknyamanan gastroenteroskopi. Jika Anda tidak ingin melakukan keduanya pada waktu yang sama, Anda harus memberi tahu dokter Anda terlebih dahulu dan membuat janji temu untuk pemeriksaan lain.