Gastroskopi yang menyakitkan adalah apa yang biasa disebut sebagai gastroskopi normal. Bukan gastroskopi yang menyakitkan, tetapi rasa mual dan tidak nyaman yang terjadi saat gastroskop dimasukkan ke dalam perut pasien melalui mulut, terutama saat cermin masuk ke dalam tenggorokan, di mana rasa mualnya paling parah karena cermin tetap berada di dalam tenggorokan dan menstimulasi saraf-saraf di tenggorokan untuk menghasilkan refleks muntah, yang akan berkurang secara signifikan saat cermin masuk ke dalam tenggorokan. Tentu saja, ketidaknyamanan ini bervariasi pada setiap orang selama menjalani gastroskopi. Orang yang lebih tua umumnya dapat menoleransi dengan lebih baik dan tidak terlalu bereaksi; orang yang lebih muda umumnya lebih sedikit menoleransi dan lebih banyak bereaksi, tetapi kebanyakan orang dapat menoleransi tes ini. Pasien disarankan untuk menarik napas dalam-dalam melalui hidung dan menghembuskan napas dengan keras melalui mulut sambil menekan daun telinga dengan tangan kanan untuk mengurangi rasa mual selama gastroskopi umum. Gastroskopi tanpa rasa sakit direkomendasikan bagi mereka yang sangat takut dengan gastroskopi biasa.