Gastroskopi dapat menimbulkan efek samping sebagai berikut: pertama, perut kembung, saat melakukan gastroskopi, untuk melihat dengan jelas apakah ada lesi pada mukosa lambung dan sifat lesi, gas akan disuntikkan ke dalam rongga perut secukupnya untuk meratakan mukosa lambung untuk observasi, yang dapat berkurang secara signifikan setelah dua jam setelah pemeriksaan. Kedua, ketidaknyamanan tenggorokan, gastroskopi akan melewati tenggorokan, dan berkali-kali keluar masuk akan menggosok mukosa tenggorokan, beberapa pasien akan mengalami ketidaknyamanan tenggorokan yang samar-samar, sebagian besar pasien akan sembuh dalam waktu dua hari. Ketiga, perut bagian atas terasa tidak nyaman. Gastroskopi terkadang dilakukan pada lesi dan jaringan diambil untuk pemeriksaan patologis, dan mungkin ada sedikit peradangan pada trauma tang biopsi. Sebagian besar pasien tidak merasa tidak nyaman, tetapi sejumlah kecil pasien, terutama mereka yang polipnya diangkat dengan tang, mungkin mengalami nyeri epigastrium yang samar-samar, tetapi gejalanya akan hilang dalam waktu sekitar dua hari.