Imunohistokimia dilakukan untuk tumor jinak, tetapi relatif jarang. Misalnya, dalam kasus lipoma, imunohistokimia tidak diperlukan bila pemeriksaan patologis rutin normal sudah cukup jelas. Imunohistokimia dilakukan ketika lesi ditemukan dan diagnosis patologis tidak terlalu jelas pada pemeriksaan HE rutin. Imunohistokimia adalah metode spesifik, seperti mencocokkan kunci dengan gembok, untuk mengidentifikasi sel asal lesi, misalnya, lesi sel spindel dapat berasal dari berbagai sumber, termasuk lemak, pembuluh darah, saraf, dan lesi interstisial. Sebagai contoh, tes CD34 positif dapat mengidentifikasi asal pembuluh darah, yang dianggap sebagai tumor yang berasal dari pembuluh darah; tes SMA positif adalah lesi yang berasal dari otot polos, yang dianggap sebagai tumor yang berasal dari miogenik; tes CD117 positif adalah lesi yang berasal dari mesenkim. Oleh karena itu, imunohistokimia dapat membantu menentukan sumbernya, yaitu di dalam lesi jinak, tetapi ada juga kasus di mana diagnosis tidak dapat diklarifikasi dengan pemeriksaan HE biasa, dan imunohistokimia masih diperlukan untuk membantu memperjelas diagnosis. Selain itu, Ki-67 adalah indeks proliferasi, yang tidak dapat membantu menentukan asal lesi, tetapi dapat menunjukkan seberapa aktif lesi tersebut, yaitu seberapa cepat sel tumbuh, dan juga relevan dalam menunjukkan tingkat keganasan lesi, sehingga imunohistokimia dapat digunakan pada lesi jinak.