Sejauh ini, penyebab megakolon kongenital tidak terlalu jelas, kebanyakan orang lebih mengenali ada begitu banyak faktor: 1, faktor genetik keluarga, adalah masalah genetik; 2, faktor lingkungan, secara bersama-sama. Secara komprehensif, itu adalah faktor bawaan keluarga, ditambah dengan intervensi lingkungan sekitar, menghasilkan periode embrionik, kita tahu bahwa periode embrionik 6-12 minggu, adalah migrasi saraf usus embrionik ke dalam suatu tahap. Pada tahap ini, jika proses migrasi saraf terhambat, atau jika ada kelainan yang menyebabkan migrasi saraf terhenti, mesenterium distal tidak memiliki saraf, dan ini disebut degenerasi saraf. Agenesis saraf lebih sering terjadi pada usus besar atau bagian dari usus besar, seperti kolon sigmoid, rektum, dan hingga lubang anus, di mana saluran usus tidak memiliki kemampuan untuk membesar, dan dalam keadaan kejang yang berkepanjangan dan terus menerus, yang mengakibatkan ketidakmampuan saluran usus untuk membesar, dan menyebabkan penyumbatan usus secara mekanis. Akibatnya, anak akan mengalami distensi abdomen jangka panjang, muntah, mual, dan berkurangnya pergerakan usus, yang kita sebut sebagai megakolon kongenital.