Harga MRI otak tergantung pada jenis MRI tertentu yang dilakukan. Pemeriksaan MRI berikut ini biasanya digunakan: Pertama, MRI flat scan, dengan biaya$500-600. Kedua, gambar difusi, yang diperiksa dengan biaya$200 dan biasanya dilakukan bersamaan dengan pemindaian MRI biasa. Ketiga, MRI enhanced scan, dengan harga sekitar$600, terutama digunakan untuk memeriksa kelainan pembuluh darah atau adanya tumor, peradangan, dll. Keempat, pencitraan pembuluh darah arteri MRI, dengan harga sekitar$600, terutama digunakan untuk memeriksa malformasi pembuluh darah dan aneurisma, dan untuk mengklarifikasi apakah ada penyempitan atau penyumbatan pembuluh darah. Kelima, pencitraan sistem vena resonansi magnetik, yang juga berharga$600, terutama digunakan untuk memperjelas adanya trombosis sinus vena intrakranial. Keenam, ada pencitraan fungsional lain yang kurang umum, seperti DTI dan SWI, yang juga berharga antara$500 dan$700.