Penyakit Kawasaki pada anak kecil merupakan penyakit yang dapat sembuh sendiri dan sebagian besar anak memiliki prognosis yang baik dan perlu dipertahankan dengan aspirin selama enam hingga delapan minggu. Pada anak-anak tanpa penyakit arteri koroner, pemeriksaan fisik lengkap dilakukan satu, tiga, enam bulan dan satu hingga dua tahun setelah keluar dari rumah sakit; namun, pada anak-anak yang tidak diobati, terdapat kemungkinan 10 hingga 20 persen terkena penyakit arteri koroner. Oleh karena itu, tindak lanjut jangka panjang diperlukan untuk mencegah trombosis, dan pengobatan standar diperlukan selama periode waktu tertentu.