Hidroksiklorokuin digunakan untuk mengobati artritis reumatoid, artritis kronis pada remaja, diskoid, dan lupus eritematosus sistemik, dan juga dapat meredakan lesi kulit yang dipicu atau diperparah oleh sinar matahari. Mekanisme kerja obat ini tidak jelas, tetapi mungkin terkait dengan stabilisasi membran lisosom, penghambatan pembentukan prostaglandin, penghambatan kemotaksis sel polimorfonuklear dan fagositosis, kemungkinan gangguan pada pembentukan interleukin 1 monosit, dan penghambatan pelepasan superoksida dari neutrofil.