Biaya pembedahan yang tepat untuk megakolon kongenital bervariasi tergantung pada pendekatan pembedahan, dengan total biaya pembedahan mencapai puluhan ribu dolar, dengan mengacu pada rumah sakit setempat. Pilihan pembedahan meliputi prosedur pembedahan tradisional seperti anastomosis kolorektal ujung ke ujung, anastomosis lateral untuk prolaps kolon retrorektal, serta pembedahan laparoskopi dan transanal sederhana. Jika pembedahan radikal tidak tersedia, maka dapat dilakukan melalui kolostomi, dengan biaya sekitar $20.000 hingga $30.000, atau total sekitar $50.000 jika pembedahan radikal digunakan. Juga perlu diperhatikan apakah anak mengalami komplikasi pasca operasi seperti infeksi dan pendarahan untuk menentukan biaya selanjutnya. Megakolon kongenital dapat dipersulit oleh kolitis usus halus, perforasi usus, dll., yang dapat mengancam jiwa pada kasus-kasus yang serius. Oleh karena itu, ketika mempertimbangkan megakolon kongenital, perlu mencari perawatan medis sesegera mungkin, dan konsultasikan dengan biaya rumah sakit setempat untuk rencana perawatan sehubungan dengan kondisi anak.