Persiapan saluran cerna diperlukan sebelum kolonoskopi, yaitu dengan meminum obat pencahar secara oral untuk mengosongkan saluran usus, biasanya obat pencahar yang digunakan adalah dispersi elektrolit polietilena glikol, baru setelah saluran usus dikosongkan, kolonoskopi dapat dilakukan untuk melihat dengan jelas keadaan usus bagian dalam, agar tidak terjadi kesalahan diagnosis dan kelalaian. Setelah minum obat pencahar, gejala diare akan muncul, dari awal keluarnya jenis tinja, hingga keluarnya tinja yang jernih seperti air, untuk mempersiapkan saluran usus. Jika feses berwarna kekuningan encer, berarti usus belum dibersihkan, sehingga tidak disarankan untuk melakukan tes dan terus minum obat pencahar sampai feses encer keluar dan kemudian melakukan tes lagi. Kolonoskopi harus dilakukan oleh dokter profesional.