Infeksi HPV dapat menyebabkan berbagai penyakit pada wanita, seperti kutil kelamin wanita, neoplasia intraepitel pada serviks wanita, kanker serviks pada wanita, kanker perianal, dan kanker vulva. Oleh karena itu, infeksi virus papiloma manusia dapat muncul dengan gejala klinis yang ringan dan berat. Ringan atau beratnya gejala tergantung pada jenis virus dan durasi infeksi. Jika pasien terinfeksi HPV tipe 16 dan 18, maka terdapat risiko yang sangat tinggi untuk terkena kanker serviks, dinding vagina, atau vulva, yang harus ditangani secara serius. Jika pasien positif terinfeksi HPV tipe 6 dan 11, pasien lebih mungkin memiliki kutil kelamin, yang biasanya tidak menjadi masalah dengan pengobatan yang agresif. Selain itu, jika pasien terinfeksi HPV risiko tinggi jenis lain, ada risiko kanker ginekologi yang lebih tinggi jika infeksi berlanjut. Jika infeksi hanya bersifat episodik, biasanya tidak ada masalah besar. Jika infeksinya adalah HPV risiko rendah, biasanya tidak menjadi masalah dan tidak akan berdampak signifikan selama infeksi tersebut dieliminasi tepat waktu.