Perbedaan antara masker medis sekali pakai dan masker bedah medis terletak pada kinerja kedap air, kemampuan penyaringan partikel, dan kemampuan perlindungan. Masker medis sekali pakai dan masker bedah medis memiliki perbedaan tertentu dalam kemampuan kedap air dan kemampuan penyaringan partikel, dan kemampuan kedap air masker bedah medis umumnya lebih tinggi daripada masker medis sekali pakai, yang dapat mencegah percikan darah atau cairan tubuh sampai batas tertentu. Masker medis sekali pakai memiliki persyaratan yang relatif lebih rendah untuk kemampuan tahan air dan kemampuan penyaringan partikel, dan kinerja perlindungannya relatif buruk. Masker medis sekali pakai dibandingkan dengan masker bedah medis, secara relatif, masker medis sekali pakai untuk perlindungan virus lebih lemah, untuk perlindungan penularan influenza, pernapasan dan penyakit lainnya juga lebih lemah.