Batu ginjal terutama disebabkan oleh kelainan metabolisme, penyakit saluran kemih dan stimulasi dengan obat-obatan tertentu. 1. Metabolisme yang tidak normal: setiap gangguan fisiologis yang disebabkan oleh komposisi kelainan dapat mendorong pembentukan batu dan pertumbuhan batu, batu ginjal terutama disebabkan oleh pembentukan kalsium, asam oksalat, asam urat dan sistin dan komponen lain yang biasa ditemukan dalam batu urin. 2. Penyakit saluran kemih: Jika pasien sendiri menderita penyumbatan saluran kemih, infeksi saluran kemih atau adanya benda asing di saluran kemih, maka akan mendorong pembentukan batu. 3. Rangsangan obat: Jika pasien telah mengonsumsi obat yang membuat konsentrasi urin dalam tubuh tinggi tetapi kelarutannya rendah, seperti tablet Fosfon Lipiodol, tablet Metilprednisolon atau tablet vitamin C, maka akan lebih mudah mendorong pembentukan batu ginjal. Batu ginjal dapat dipicu oleh berbagai faktor, seperti iklim, diet, obat-obatan, dll. Setelah diagnosis yang jelas, pasien harus berusaha meminimalkan atau menghindari faktor pemicu sesuai dengan bimbingan dokter profesional, untuk mencegah kambuhnya kondisi dan memperburuk gejala.