Rute pemberian heparin yang paling umum adalah secara subkutan, baik di dinding perut atau dengan pompa intravena, untuk pasien dengan infark miokard akut, atau selama trombolisis resusitasi. Heparin rentan terhadap komplikasi, terutama trombositopenia dan kejadian perdarahan selama penggunaan jangka panjang. Heparin cocok untuk antikoagulasi pada pasien dengan trombosis vena dalam tungkai bawah, emboli paru dan penyakit arteri koroner. Selama pengobatan heparin, lima parameter koagulasi harus dipantau dan, jika mungkin, dihentikan dan diganti dengan obat oral, terutama warfarin atau rivaroxaban. Penggunaan obat dalam jangka panjang memerlukan pemantauan tes darah secara teratur dan perubahan indikator fungsi hati dan ginjal, karena obat ini juga dapat menyebabkan efek samping pada hati dan ginjal, seperti peningkatan transaminase.