Tidak ada angka pasti mengenai kejadian cacat bawaan yang disebabkan oleh merokok pada ibu hamil, tetapi menurut statistik, jumlah cacat bawaan yang terjadi pada ibu yang merokok adalah dua hingga tiga kali lipat dari ibu yang tidak merokok. Tembakau mengandung sejumlah besar nikotin, yang dapat melewati plasenta dan masuk ke dalam aliran darah janin, sehingga mempengaruhi perkembangan normal janin dan meningkatkan kejadian cacat bawaan. Seperti kelainan sistem neurologis, kaki terbalik, bibir sumbing dan langit-langit mulut. Pada saat yang sama, pembentukan CO dari merokok menyebabkan hambatan dalam kombinasi sel darah merah dan oksigen, mengakibatkan lebih sedikit oksigen dalam darah, menyebabkan hipoksia intrauterin pada janin, yang mengakibatkan gawat janin dan bahkan keguguran. Awal kehamilan adalah tahap diferensiasi dan perkembangan organ janin, merokok pada masa ini dapat meningkatkan angka kejadian cacat bawaan janin, sehingga disarankan agar ibu hamil berhenti merokok. Wanita hamil yang merokok harus menjalani pemeriksaan kandungan secara teratur dan menjalani skrining sindrom Down serta pemeriksaan ultrasonografi pada sistem janin untuk menyingkirkan malformasi janin.