Gastroskopi dan kolonoskopi dapat dilakukan bersamaan, tetapi apakah keduanya dapat dilakukan pada waktu yang sama, perlu dipertimbangkan dalam kaitannya dengan pasien dan jenis pemeriksaan. Untuk pasien yang menjalani gastroskopi umum atau kolonoskopi, tidak diperlukan pembiusan sebelum pemeriksaan, sehingga pasien dapat dipindahkan ke ruang kolonoskopi setelah gastroskopi. Namun, untuk pasien yang menjalani gastroskopi tanpa rasa sakit dan kolonoskopi tanpa rasa sakit, lamanya waktu yang diperlukan untuk pembiusan akan meningkatkan faktor risiko. Oleh karena itu, bagi orang tua, anak-anak dan penderita penyakit kronis, tidak disarankan untuk melakukan kedua pemeriksaan tersebut pada waktu yang sama demi keselamatan pasien. Gastroskopi adalah pemeriksaan trans-oral dan kolonoskopi adalah pemeriksaan trans-anal, dan ada beberapa perbedaan dalam prosedur dan instrumen medis yang digunakan untuk kedua pemeriksaan tersebut.