Dalam proses pengobatan obat, efek samping merupakan masalah yang tidak dapat diabaikan, tetapi juga merupakan masalah yang sangat dikhawatirkan oleh orang tua. Obat lini pertama untuk pengobatan ADHD, seperti methylphenidate dan tomoxetine, memiliki efek samping yang tidak signifikan, dan ada perbedaan individu, dengan beberapa anak mengalami beberapa reaksi merugikan pada masa awal, yang umumnya tidak serius, dan ada juga yang tidak. Efek samping yang umum terjadi adalah reaksi gastrointestinal seperti mual, sakit perut, dan kehilangan nafsu makan. Penggunaan dosis terapi obat dalam jangka panjang, tidak akan mempengaruhi tumbuh kembang dan kecerdasan anak, tidak perlu melakukan pemeriksaan fungsi hati selama periode penggunaan obat.