Hipotiroidisme neonatal, atau hipotiroidisme neonatal, mengacu pada sekresi hormon tiroid yang tidak mencukupi pada bayi yang baru lahir, dan penyebabnya meliputi hipotiroidisme kongenital primer dan hipotiroidisme sekunder yang bersifat sementara, sehingga hipotiroidisme neonatal belum tentu merupakan hipotiroidisme kongenital. Hipotiroidisme kongenital primer, yaitu hipotiroidisme kongenital, paling sering terlihat pada ketiadaan, keterbelakangan, atau kelenjar tiroid ektopik, yaitu kelenjar tiroid tetap berada di lokasi tiroid yang tidak normal selama masa pertumbuhan, yang menghasilkan tiroid ektopik yang sebagian atau seluruhnya tidak berfungsi. Hipotiroidisme neonatal juga dapat terjadi akibat hipotiroidisme sekunder, seperti lesi hipofisis dan hipotalamus, yang mengakibatkan hipotiroidisme. Hipotiroidisme sementara juga dapat terlihat pada bayi baru lahir, seperti ketika ibu memiliki penyakit tiroid selama kehamilan atau kelahiran prematur, yang dapat menyebabkan keterbelakangan sementara kelenjar tiroid dan hipotiroidisme sementara pada bayi baru lahir. Hipotiroidisme pada bayi baru lahir tidak selalu bersifat bawaan, gejala hipotiroidisme pada bayi baru lahir harus segera dikonsultasikan untuk menentukan penyebab penyakit, di bawah bimbingan dokter untuk pengobatan.