Tidak ada periode pengobatan terbaik untuk penyakit Kawasaki. Penyakit Kawasaki harus dideteksi dan diobati secara dini untuk menghindari komplikasi kardiovaskular akibat pengobatan yang tidak tepat waktu. Penyakit Kawasaki adalah penyakit yang dapat sembuh sendiri dengan prognosis yang baik untuk sebagian besar anak, dengan kekambuhan sekitar 1-3%. Kemungkinan terjadinya penyakit arteri koroner meningkat pada anak-anak yang tidak diobati. Jika tidak diobati, beberapa anak dapat mengalami penyakit jantung yang menyertai dan memiliki prognosis yang lebih buruk. Tujuan awal pengobatan adalah untuk mengendalikan peradangan, mengurangi kerusakan arteri koroner, serta mencegah pembentukan tumor arteri koroner dan tromboemboli. Setelah diagnosis ditegakkan, pengobatan harus dimulai sesegera mungkin. Tindak lanjut pada anak-anak dengan penyakit Kawasaki berdasarkan penyakit arteri koroner penting untuk meningkatkan prognosis. Pasien dengan penyakit arteri koroner yang berlanjut setelah satu bulan memerlukan tindak lanjut seumur hidup.