Prognosis untuk sebagian besar kasus tiroiditis Hashimoto adalah baik, tetapi ada kecenderungan untuk berkembang secara alami menjadi hipotiroidisme, dengan proses hipertiroidisme yang diikuti oleh hipotiroidisme, sehingga fokus utamanya adalah pada pengobatan simtomatik, dengan obat yang berbeda diperlukan pada waktu yang berbeda. Obat-obatan yang umum digunakan meliputi: β-blocker: Propranolol, terutama untuk takikardia dan komplikasi lain yang disebabkan oleh tirotoksikosis selama hipertiroidisme. Obat anti-inflamasi dan analgesik: terutama digunakan untuk meredakan peradangan tiroid dan rasa sakit. Dalam kasus ringan, hanya NSAID seperti aspirin, ibuprofen, dan indometasin yang diperlukan; dalam kasus sedang hingga berat, glukokortikoid seperti prednison tersedia. Levothyroxine: Komponen utamanya adalah hormon tiroid dan digunakan untuk terapi penggantian hormon. Sebagian besar tiroiditis mengalami proses dari hipertiroidisme menjadi hipotiroidisme dan levothyroxine umumnya digunakan untuk fase pengobatan hipotiroid. Untuk pasien dengan pembesaran kelenjar tiroid yang parah, gejala tekanan yang signifikan, dan tidak ada bantuan dari pengobatan, operasi juga merupakan pilihan, tetapi kemungkinan konversi ke hipotiroidisme seumur hidup setelah operasi lebih tinggi dan pengobatan seumur hidup diperlukan. Oleh karena itu, tiroiditis Hashimoto adalah bentuk tiroiditis autoimun, yang dapat sembuh dengan sendirinya dan biasanya tidak memerlukan pengobatan klinis khusus, hanya manajemen simtomatik, dan akhirnya biasanya berubah menjadi hipotiroidisme.