Kehamilan ektopik dapat terjadi ketika menggunakan pil kontrasepsi darurat untuk mencegah kehamilan. Pil ini bekerja dengan cara menunda atau menekan ovulasi, mencegah indung telur memproduksi sel telur, atau dengan mengubah sifat lendir di leher rahim sehingga sperma pria tidak dapat melewati leher rahim, sehingga menghambat pembentukan sel telur yang telah dibuahi. Cara kerja lainnya adalah dengan mengubah sifat endometrium sehingga sel telur yang telah dibuahi tidak dapat menempel dan berkembang. Jika pil kontrasepsi darurat diminum ketika sel telur yang telah dibuahi telah terbentuk, kehamilan ektopik dapat terjadi jika sel telur yang telah dibuahi tidak mencapai rongga rahim, melainkan berada di tuba falopi. Jika tidak ada perdarahan yang signifikan 7-10 hari setelah meminum pil kontrasepsi darurat, tes HCG darah harus segera dilakukan untuk menyingkirkan kemungkinan kehamilan dini dan jika tes tersebut menunjukkan adanya kehamilan dini, maka kehamilan ektopik harus disingkirkan sesegera mungkin.