Secara umum, lavage bronkoalveolar relatif aman. Secara umum, persiapan sebelum operasi perlu ditingkatkan, pasien dan keluarganya diberi tahu mengenai indikasi, kontraindikasi, dan komplikasi lavage bronchoalveolar, dan diupayakan untuk mendapatkan kerja sama dari pasien atau keluarganya, sehingga beberapa komplikasi lavage bronchoalveolar dapat dihindari. Komplikasi umum dari batuk bronchoalveolar termasuk bronkospasme, perdarahan bronkial, alergi obat anestesi, demam, pneumotoraks dan batuk yang sering, dll. Sebagian besar merupakan komplikasi sementara, dan gejalanya dapat dikontrol dan diredakan.