Penyakit Kawasaki pada anak kecil lebih baik ditangani pada tahap awal, dan semakin dini didiagnosis dan diobati, semakin baik prognosisnya. Tahap awal penyakit Kawasaki biasanya diobati dengan terapi kejut imunoglobulin dan, pada anak-anak dengan kerusakan jantung gabungan, aspirin oral. Jika perlu, glukokortikoid dan obat penekan imun juga dapat digunakan, tergantung pada kondisi anak. Namun, jika anak tidak terdiagnosis pada tahap awal, pengobatan dapat menjadi sulit dan mungkin memiliki gejala sisa yang memerlukan pengobatan jangka panjang.