Operasi kista pineal dapat menimbulkan komplikasi mata, perdarahan intraoperatif, hemiplegia pasca operasi atau bahkan koma, kematian dan risiko lainnya. 1. Komplikasi mata: kelenjar pineal memiliki hubungan yang erat dengan mata, jika terjadi kecelakaan pada operasi kista pineal, maka dapat terjadi komplikasi mata, seperti gangguan pergerakan mata, diplopia dan sebagainya. 2. Perdarahan intraoperatif: kelenjar pineal padat dengan pembuluh darah, saraf dan jaringan otak yang penting, yang dapat menyebabkan perdarahan jika pembedahan tidak berjalan dengan baik. 3. Hemiparesis atau bahkan koma atau kematian: Kelenjar pineal terletak di antara talamus preoptik dan talamus mesencephalon, dan jika pembedahan tidak berhasil, hemiparesis atau bahkan koma atau kematian dapat terjadi. Penting untuk dicatat bahwa pengobatan kista pineal harus dipilih oleh dokter berdasarkan kombinasi beberapa faktor, dan ketidaknyamanan apa pun setelah pembedahan harus segera ditangani.