Ketika sirosis diperumit oleh ensefalopati hepatik, gejala fungsi kognitif abnormal, yang umumnya dikenal sebagai kabut otak, dapat terjadi. Toksisitas amonia adalah patogenesis penting dari ensefalopati hepatik, dan saluran pencernaan adalah tempat utama produksi amonia oleh tubuh, termasuk amonia nonionik dan ionik. Pada sirosis, metabolisme amonia nonionik hati berkurang, dan konsentrasi amonia nonionik dalam sirkulasi meningkat. Amonia nonionik dapat melintasi sawar darah-otak dan masuk ke dalam jaringan otak untuk mengganggu fungsi otak, yang mengakibatkan ensefalopati hepatik. Manifestasi ensefalopati hepatik dapat berkembang dari fungsi kognitif normal menjadi fungsi kognitif abnormal atau bahkan koma, yang sebenarnya merupakan manifestasi penyakit ini kepada masyarakat umum yang mengira bahwa otak mengalami kebingungan. Begitu ensefalopati hepatik berkembang, ia harus segera diobati, jika tidak, hal ini dapat menyebabkan perburukan kondisi atau bahkan mengancam jiwa.