Melatonin dan alkohol tidak boleh dikonsumsi bersamaan. Meskipun alkohol dan melatonin tidak menghasilkan efek samping yang signifikan ketika dimakan bersamaan, namun mengonsumsi keduanya secara bersamaan cenderung berpengaruh pada efektivitas obat, yang pada gilirannya memengaruhi aksinya.
Melatonin adalah hormon endogen dalam tubuh manusia, akrab dengan fungsi dapat meningkatkan kualitas tidur, dapat mempersingkat waktu terjaga sebelum tidur dan waktu tertidur, meningkatkan kualitas tidur, orang biasanya mengambil melatonin eksogen untuk meningkatkan kualitas tidur, setelah minum obat dalam tidur jumlah terbangun berkurang, tahap tidur ringan menjadi lebih pendek, tahap tidur nyenyak akan diperpanjang, pada penyesuaian jet lag juga memiliki efek tertentu.
Alkohol memiliki efek eksitasi saraf, mudah menyebabkan insomnia, gangguan neuroendokrin, jadi yang terbaik adalah tidak minum selama pengobatan.