Begitu penyakit Kawasaki berkembang pada anak-anak, kerusakan pada arteri koroner, seperti aneurisma koroner atau penyempitan, penyumbatan, atau pelebaran arteri koroner, biasanya terjadi dalam waktu dua minggu setelah timbulnya penyakit. Secara khusus, anak-anak dengan usia yang lebih muda, dengan demam yang terus-menerus dan tanda-tanda klinis miokarditis, memiliki peluang lebih besar untuk mengalami kerusakan arteri koroner. Setelah hal ini terjadi, diperlukan pengobatan yang cepat dan agresif, seperti pengobatan dengan aspirin dosis tinggi atau imunoglobulin, dan kemudian pengobatan pemeliharaan dengan aspirin dosis anti agregasi trombosit.