CT perut bagian bawah berfokus pada organ-organ perut bagian bawah dan, karena usus terletak di perut bagian bawah, maka dapat membantu untuk memeriksa usus pada saat yang sama dengan pemeriksaan CT. CT abdomen bagian bawah terutama digunakan untuk melihat rektum, kolon sigmoid, kolon asendens dan kolon desendens, dan relatif kurang baik untuk melihat kolon transversal. CT abdomen bagian bawah hanya dapat mengamati masalah morfologi usus dan memiliki peran diagnostik awal untuk penyakit tumor dan pembengkakan kelenjar getah bening perifer. Namun, bagi sebagian orang, penyakit usus disebabkan oleh peradangan dan ulserasi mukosa usus, yang tidak dapat diamati melalui pemeriksaan CT. Untuk menentukan apakah suatu tumor bersifat ganas atau tidak, biopsi harus dilakukan dengan kolonoskopi untuk menentukan patologi.