Perbedaan antara antigen dan antibodi adalah bahwa antigen adalah istilah kolektif untuk semua zat yang menginduksi respons imun pada diri sendiri, sedangkan antibodi adalah istilah kolektif untuk kelas imunoglobulin yang diproduksi sendiri yang berikatan secara spesifik dengan antigen.
1. Antigen (Ag) dikenali oleh sel B dan mengaktifkan sel T, sehingga memicu respons imun yang berkelanjutan.
Antigen memiliki sifat dasar spesifisitas (antigen hanya dapat berikatan secara spesifik dengan sel T efektor atau antibodi yang sesuai), makromolekul (massa molekul relatif lebih dari 10.000, dan antigenisitas meningkat seiring dengan berat molekul) dan benda asing (tidak dapat diterima oleh sel jaringan sendiri).
2. Antibodi adalah protein yang memiliki efek perlindungan dan diproduksi terutama untuk merangsang antigen. Antibodi disekresikan oleh sel plasma (sel B efektor), yang secara khusus dapat mengenali antigen, dan terutama digunakan untuk mengidentifikasi dan menetralkan antigen dalam sistem kekebalan tubuh, dengan lima jenis utama: IgG, IgM, IgA, IgD, dan IgE.
Fungsi utama antigen adalah untuk mencegah invasi patogen dan menetralkan racun; untuk mengaktifkan komplemen dan menginduksi penghancuran sitolitik; untuk mengatur fagositosis dan sitotoksisitas serta untuk memediasi reaksi hipersensitivitas tipe I.