Prostatitis non-gonokokal tidak dapat didiagnosis berdasarkan ada atau tidaknya kelainan pada pemeriksaan urin rutin. Urine rutin adalah tes klinis yang lebih umum, tetapi sulit untuk mendiagnosis prostatitis secara pasti, prostatitis biasanya perlu didiagnosis dengan cara-cara berikut: Dokter pertama-tama akan menanyakan gejala pasien untuk mengetahui apakah pasien mengalami nyeri, buang air kecil yang tidak normal, kelainan mental dan psikologis, disfungsi seksual dan gejala lainnya, jika gejalanya mirip dengan prostatitis, maka tes lebih lanjut yang sesuai seperti USG dan CT dapat dilakukan. Selama pemeriksaan, dokter biasanya mendiagnosis dengan pengecualian, yaitu gejala pasien konsisten dengan, dan melalui pemeriksaan untuk menyingkirkan kemungkinan penyakit lain, dapat didiagnosis sebagai prostatitis. Pemeriksaan urin rutin dapat mengindikasikan penyakit lain seperti uretritis melalui sel darah putih dan sel darah merah dalam urin, sehingga meskipun tidak dapat mendiagnosis prostatitis secara pasti, pemeriksaan ini dapat membantu diagnosis dokter. Jika Anda mencurigai bahwa Anda menderita prostatitis non-gonokokal, Anda harus berkonsultasi dengan dokter untuk pemeriksaan dan pengobatan dini.