Biasanya, anestesi gastroenteroskopi tanpa rasa sakit tidak berbahaya bagi otak, tetapi mungkin memiliki efek sementara pada otak. Obat anestesi yang biasa digunakan dalam gastroenteroskopi tanpa rasa sakit klinis terutama propofol dan Depo-Provera, karena dosis anestesi yang digunakan kecil, sehingga umumnya tidak akan menyebabkan kerusakan otak, tetapi dapat menyebabkan efek sementara pada tubuh manusia, seperti sesekali mual, muntah dan gejala lain pada pasien setelah bangun tidur, umumnya setelah metabolisme obat, ketidaknyamanan di atas secara bertahap dapat mereda, umumnya tidak memerlukan perawatan khusus. Jika ada ketidaknyamanan yang terjadi setelah anestesi untuk gastroenteroskopi tanpa rasa sakit, disarankan untuk secara aktif memberi tahu petugas kesehatan dan melakukan perawatan khusus pada waktunya agar tidak mengancam kesehatan.