Pada beberapa pasien yang sakit kritis, lanjut usia dan lemah, saat batuk, dahak tidak mudah dikeluarkan, dahak mudah tertahan di saluran bronkus dan terjadi perburukan gagal napas, serta infeksi paru-paru sulit membaik. Pada saat ini, bronkoskopi sering kali diperlukan untuk menyedot sekresi di dalam trakea, tetapi efek samping berikut ini dapat terjadi selama penyedotan bronkoskopi. Yang pertama dan yang paling umum adalah batuk darah, yang disebabkan oleh pendarahan traumatis pada dinding trakea akibat pemasangan yang tidak tepat atau penanganan bronkoskop yang kasar dan batuk yang hebat pada pasien. Yang kedua adalah hipoksemia, yang terjadi ketika laring dan trakea teriritasi dan kejang yang disebabkan oleh prosedur trakeoskopi, dan bermanifestasi sebagai hipoksia. Selain itu, terdapat komplikasi jantung. Pasien cenderung mengalami peningkatan denyut jantung, aritmia, dan jarang terjadi henti jantung. Selain itu, sejumlah kecil pasien, terutama mereka yang menderita penyakit paru obstruktif kronik dan pasien lanjut usia, rentan terhadap penyebaran infeksi dan demam selama irigasi trakeoskopi dan aspirasi dahak.