Infeksi klamidia lebih serius. Klamidia meliputi Chlamydia pneumoniae, Chlamydia psittaci, Chlamydia trachomatis, dan Chlamydia bovis. Sekitar 50% uretritis non-gonokokal disebabkan oleh infeksi Chlamydia trachomatis, yang berukuran kecil, berada di antara bakteri dan virus, dan biasanya bersifat parasit pada sel dan lebih merusak jaringan intraseluler. Chlamydia trachomatis dapat menyebabkan limfogranuloma kelamin, yang dapat menyebabkan penyakit radang panggul, servisitis, serta persalinan prematur dan keguguran pada wanita hamil. Chlamydia trachomatis juga dapat menginfeksi bayi, mengakibatkan trachoma, oftalmia Chlamydia trachomatis, dan pneumonia Chlamydia trachomatis. Infeksi Chlamydia trachomatis juga rentan menyebabkan uretritis pada pria, penderita uretritis klamidia akan muncul kesemutan pada uretra, gatal-gatal, keluarnya cairan dari uretra, dan sindroma uretra, penderita akan muncul demam uretra, frekuensi berkemih, urgensi berkemih, nyeri saat berkemih, gejala inkontinensia urin. Infeksi Chlamydia trachomatis lebih serius dan dapat menyebabkan infertilitas pria dan wanita, yang mengakibatkan radang epididimis pria dan epididimitis Chlamydia trachomatis, yang menyebabkan disfungsi spermatogenik pada testis pria, yang menyebabkan penurunan viabilitas sperma dan mempengaruhi fungsi reproduksi. Jika pasien terinfeksi Chlamydia, mereka harus pergi ke rumah sakit tepat waktu dan secara aktif bekerja sama dengan pengobatan agar tidak menunda kondisi tersebut.