Tingkat kelangsungan hidup lima tahun untuk pasien dengan tumor mesenkim gastrointestinal tanpa metastasis adalah antara 50 dan 60 persen setelah reseksi bedah lengkap. Untuk pasien yang tidak dapat menjalani reseksi bedah lengkap atau memiliki metastasis, tingkat kelangsungan hidup lima tahun kurang dari 35%, dan tingkat kelangsungan hidup sepuluh tahun hanya sekitar 17%.
Prognosis tumor mesenkim gastrointestinal adalah baik, dan waktu kelangsungan hidup pasien terkait dengan berbagai faktor seperti keganasan tumor, lokasi pertumbuhan, dan kondisi fisik individu. Untuk pengobatan, evaluasi pra-operasi menggunakan pencitraan harus dilakukan terlebih dahulu, dan jika tidak ada metastasis jauh dan massa dapat direseksi sepenuhnya, operasi radikal harus dilakukan, dan terapi yang ditargetkan seperti imatinib harus diterapkan secara selektif sesuai dengan stadium patologi setelah operasi.
Pasien tumor mesenkim saluran cerna harus menjaga kelancaran buang air besar, dan pada saat yang sama, mempertahankan sikap positif dan optimis untuk bekerja sama dengan pengobatan dokter. Pengobatan harus mengikuti petunjuk dokter, pola makan harus dijaga agar tetap ringan, usahakan mengonsumsi makanan yang mudah dicerna, makanan yang tidak banyak mengandung residu sebagai makanan utama, makan dengan porsi yang lebih sedikit dan lebih banyak. Jika terjadi ketidaknyamanan, harus dideteksi dan diobati secara dini untuk menghindari memperburuk kondisi.