Produk probiotik yang berbeda mengandung jumlah bakteri yang berbeda, dan strain yang berbeda memiliki efek yang berbeda pada tubuh manusia. Oleh karena itu, tidak ada probiotik tertentu yang lebih efektif. Probiotik memiliki efek mengatur kekebalan tubuh, mencegah dan mengurangi diare pada anak, memperbaiki konstipasi, dan memperbaiki alergi. Probiotik harus dipilih sesuai dengan kondisi tertentu, seperti antibiotik yang disebabkan oleh cedera mukosa usus umumnya memilih Bacillus subtilis; bakteri atau jamur yang disebabkan oleh radang usus akut dan kronis dapat memilih Bacillus licheniformis; disbiosis usus yang disebabkan oleh disfungsi usus sering dipilih Bifidobacterium. Sediaan probiotik dapat digunakan dalam kombinasi, dan aplikasi bersama dari spesies probiotik yang berbeda dapat memainkan peran sinergis dan mencapai efek terapeutik yang lebih baik. Namun, tidak semua strain bakteri dalam kombinasi apa pun akan efektif, jadi sediaan probiotik harus diambil sesuai dengan instruksi dokter untuk menghindari pengobatan sendiri.