Jika tekanan arteri pulmonalis telah kembali normal setelah perbaikan defek atrium, obat penurun hipertensi pulmonal biasanya dapat dihentikan. Jika hipertensi pulmonal masih ada, penggunaan obat secara terus menerus diperlukan. Obat-obatan khusus harus diresepkan oleh dokter. Cacat septum atrium adalah penyakit jantung bawaan yang biasanya memerlukan perbaikan cacat septum atrium atau intervensi untuk menghilangkan kondisi tersebut. Cacat septum atrium rentan terhadap hipertensi pulmonal sehingga memerlukan antikoagulan, diuretik, dan antagonis kalsium untuk meringankan kondisi tersebut. Setelah pembedahan, penurunan hipertensi pulmonal merupakan proses bertahap, sehingga obat penurun arteri pulmonal biasanya tetap digunakan selama masa pemulihan. Ketika tekanan arteri pulmonalis kembali normal, pengobatan dapat dihentikan di bawah bimbingan tenaga kesehatan profesional. Perlu diperhatikan bahwa setelah operasi, perawatan yang baik harus dilakukan, dan pengobatan anti-infeksi aktif harus dilakukan. Setelah perbaikan kelainan atrium, orang yang masih memiliki hipertensi pulmonal harus pergi ke rumah sakit secara teratur untuk pemeriksaan dan pengobatan sesuai dengan petunjuk dokter, dan tidak boleh berhenti menggunakan obat sesuka hati.