Secara klinis, lokasi emboli yang paling mungkin terjadi pada fibrilasi atrium adalah otak, baik yang disebabkan oleh penyakit katup maupun fibrilasi atrium non-katup. Alasannya adalah karena pada fibrilasi atrium, fungsi kontraksi atrium melemah, dan trombus terbentuk di dinding apendiks, dan begitu trombus terlepas, dapat menyebabkan emboli otak. Selain otak, arteri tungkai atas dan bawah serta arteri mesenterika dapat menyebabkan emboli. Oleh karena itu, secara klinis, pasien dengan fibrilasi atrium harus disadarkan sebanyak mungkin. Pasien yang tidak dapat dilanjutkan tanpa kontraindikasi terhadap antikoagulan perlu minum obat antikoagulan secara teratur, sambil mengontrol detak jantung, menjaga fungsi jantung, dan pemeriksaan rutin.