Gejala penyakit ini bervariasi dan sering disalahartikan sebagai penyakit pencernaan, pernapasan, serta penyakit telinga, hidung, dan tenggorokan, sehingga tidak hanya memudahkan pasien tetapi juga dokter untuk mengabaikan kemungkinan GERD, yang menyebabkan salah diagnosis dan salah tatalaksana. Tergantung pada tahap perkembangan penyakit, gejala-gejala berikut ini mungkin muncul secara umum. Tahap Gastroesofagus: Gejala GERD yang paling umum pada tahap ini adalah nyeri ulu hati dan refluks asam, yang terutama terjadi pada kerongkongan. Nyeri ulu hati adalah ketika pasien merasakan sensasi terbakar di area dada anterior dan fosa jantung. Refluks asam adalah ketika pasien merasakan naiknya asam dari perut ke mulut tanpa disertai rasa mual, muntah, dll. Selain itu, beberapa pasien mungkin mengalami nyeri dada, sesak di dada dan gangguan pencernaan. Fase faring: Ketika refluks memburuk dan lesi berkembang di kerongkongan bagian atas dan faring, pasien dapat mengalami gejala yang mirip dengan faringitis akut dan kronis, biasanya berupa batuk kronis yang tidak dapat dijelaskan, biasanya kering, yang sering kali diobati berulang kali di bagian pernapasan atau THT tanpa perbaikan yang signifikan, sementara beberapa pasien mengalami batuk malam hari yang berulang yang mengganggu istirahat. Pasien juga dapat mengalami ketidaknyamanan seperti kesemutan di tenggorokan, sensasi benda asing dan sakit tenggorokan. Fase mulut dan hidung: Ketika refluks semakin parah, selaput lendir mulut, hidung dan telinga tengah menjadi sakit, dan pasien mungkin mengalami gejala seperti pilek, bersin, hidung tersumbat dan tinnitus, yang bahkan dapat menyebabkan otitis media. Tahap laringotrakea: Ketika muntahan memasuki trakea, hal ini menyebabkan gejala seperti batuk, batuk berdahak, sesak napas, dan sulit bernapas. Ada banyak pasien yang gejalanya sangat mirip dengan serangan asma, tetapi yang dirawat karena asma di bagian pernapasan dengan hasil yang buruk. Ketika penyakit telah berkembang ke tahap ini, penyakit ini sudah lebih parah dan dapat menyebabkan penurunan yang signifikan pada kualitas hidup pasien dan bahkan kejang laring yang mengancam jiwa.