Gejala GERD dapat dengan mudah dikacaukan dengan banyak penyakit lain dan pasien sering tidak menyadari bahwa mereka menderita penyakit ini, atau jika mereka mengetahuinya, mereka tidak menanggapinya dengan cukup serius karena kurangnya pengetahuan tentang penyakit ini. Bahaya GERD antara lain menurunkan kualitas hidup pasien, menyebabkan berbagai komplikasi bahkan kanker dan kematian. Berbagai gejala GERD, yang dapat kambuh, menyebabkan penderitaan jangka panjang dalam kehidupan pasien dan sering kali lebih terasa pada malam hari, mempengaruhi tidur dan menyebabkan gangguan, sementara kondisi psikologis dan mental yang memburuk akibat penyakit ini dapat memperburuknya, sehingga menciptakan lingkaran setan. Jika tidak diobati, GERD dapat menyebabkan komplikasi seperti asma, pneumonia aspirasi, fibrosis paru, otitis media dan penyempitan kerongkongan, membuat pasien menderita lebih banyak rasa sakit dan kualitas hidup yang lebih buruk. Banyak kasus GERD disebabkan oleh hernia hiatus esofagus. Kasus hernia hiatus esofagus yang parah, jika tidak dioperasi, dapat menyebabkan nekrosis dan perforasi lambung, dengan konsekuensi yang sangat serius. Pada GERD, asam lambung dan empedu berulang kali mengiritasi mukosa esofagus, menyebabkannya terkikis dan memborok, yang lama-kelamaan dapat menyebabkan kanker esofagus. Ketika asam lambung yang direfluks masuk ke trakea, hal ini dapat menyebabkan reaksi pernapasan yang parah dan bahkan dapat menyebabkan kejang laring dan kematian pada pasien.