Secara umum, penyebab harelip pada anak-anak meliputi hal-hal berikut ini. Pertama, karena genetika keluarga. Jika anggota keluarga dekat anak, seperti orang tua, memiliki harelip, maka anak tersebut akan sering mengalami harelip karena kecenderungan genetik. Kedua, jika ibu anak menderita penyakit pada tahap awal kehamilan, seperti rubella, campak, atau terpapar radiasi selama tiga bulan pertama kehamilan, atau jika ibu mengonsumsi obat anti tumor atau antibiotik, hal ini dapat menyebabkan anak mengalami kelainan, yang berakibat pada harelip atau bahkan penyakit jantung bawaan.