Penis gaib: Ini adalah kelainan perkembangan bawaan, karena perlekatan abnormal dari lapisan fasia serat otot pada dinding perut bagian bawah ke tubuh penis, yang mengikat penis untuk memanjang ke luar, mengakibatkan kulit penis tidak berkembang dengan baik dan perlekatan abnormal ke tubuh penis, dan ketidakmampuan untuk meringankan encopresis, sehingga penis menjadi pendek dan berbentuk kerucut. Pembedahan diperlukan dan waktu terbaik untuk perawatan bedah adalah antara usia 3-5 tahun. Penis terkubur: Ini adalah kelainan yang didapat pada penampilan penis dan disebabkan oleh obesitas dan bantalan lemak prapubertas yang tebal sehingga penis tidak terlihat dengan baik. Ini tidak dapat diobati dengan pembedahan. Pilihan pengobatan terbaik adalah penurunan berat badan. Penis berselaput: juga dikenal sebagai fusi penoscrotal, adalah kondisi bawaan di mana kulit jahitan pertengahan skrotum menyatu dengan kulit ventral penis, sehingga penis tidak sepenuhnya terpisah dari skrotum. Penis berbekas luka: Hal ini disebabkan oleh peradangan berulang, trauma atau pembedahan yang tidak tepat hingga membentuk bekas luka kulup, yang mempengaruhi paparan kelenjar. Pada beberapa kasus yang parah, hal ini mempengaruhi buang air kecil dan ereksi penis. Perawatan bedah diperlukan. Mikropenis: Kelainan perkembangan bawaan di mana penis memiliki panjang yang ditarik (SPL) kurang dari 2,5 standar deviasi (SD) dari rata-rata panjang penis yang ditarik untuk usia yang sama, kromosom 46XY, rasio lingkar penis yang normal terhadap panjang dan tidak adanya kelainan bentuk penis lainnya (mis. hipospadia). Prevalensi di Amerika Serikat adalah 1,5/10.000 dan di negara kita, prevalensinya belum tersedia. Menurut kelainan endokrin, mikropenis dapat diklasifikasikan secara luas ke dalam tiga kategori utama, hipogonadisme hipogonadotropik (kegagalan hipofisis/hipotalamus) + hipogonadisme hipergonadotropik (kegagalan testis primer) + hipogonadisme idiopatik (fungsi normal sumbu hipotalamus-hipofisis-testis), dengan pilihan pengobatan yang kompleks.