Anestesi memiliki efek samping pada tubuh karena merupakan obat yang menargetkan sistem saraf dan dapat tetap berada di dalam sel otak untuk jangka waktu yang lebih lama setelah efek anestesi atau efek tidur. Efek samping anestesi meliputi kantuk, kebingungan, perubahan suasana hati dan pemikiran yang tidak normal, serta dapat menyebabkan reaksi alergi dan efek samping lainnya. Efek samping umum terjadi pada semua obat, tetapi biasanya relatif cepat hilang dengan obat yang memenuhi syarat, dan karena siklus metabolisme obat, efek samping tersebut tidak memiliki efek seumur hidup pada pasien setelah pemakaian. Sebagian besar obat bius hanya memengaruhi tubuh dalam waktu singkat. Setelah waktu paruh obat, efeknya akan hilang dan pasien dapat hidup normal. Kecuali jika terjadi kecelakaan anestesi yang serius, nyawa pasien dapat terancam.